En el recorrido para visitar el Museo Casa Don Bosco se accede a los sótanos del primer Oratorio de Valdocco, cinco locales antiguamente habitados y de servicios varios como la gran bodega, el primer refectorio de los muchachos, la primera cocina, la galería porticada y el refectorio de los muchachos.

La bodega del oratorio de San Francisco de Sales se construyó en 1860-1861 y se guardaban en ella las cubas y la prensa necesarias para el prensado de los racimos, que se transportaban a su interior a través de unos huecos adecuados abiertos en la bóveda.

Se expone aquí una colección de esculturas marianas provenientes de 133 países en los que está presente la Familia Salesiana.

Continuando llegamos al primer refectorio de los muchachos. Los jóvenes del Oratorio se sentaron a la mesa en este lugar desde 1854 a 1858 cuando se habilitó el gran refectorio debajo de la Iglesia de San Francisco de Sales. La sala, que era más amplia, se redujo después por el corredor que unía todo el sótano con la bodega.

Siguiendo el recorrido se llega a la cocina del oratorio. Fue construida en 1856 y estaba suficientemente equipado para preparar comida para una comunidad que en 1858 contaba con unas 220 personas. Pueden verse todavía el pozo, al que estaba conectada la fuente del patio, una despensa de mampostería y un espacio empleado para preparar comidas calientes. El bajo relieve contemporáneo allí colocado subraya el destino que tenían estos locales. Podemos admirar un antiguo cuadro en papel con marco original. Reproduce la Última cena de Leonardo da Vinci que, muy probablemente, estaba colocada en uno de los primeros refectorios de la comunidad.

El largo corredor con amplias bóvedas en ladrillo que une estos ambientes es de aproximadamente del año 1870 y es testigo de la primera ampliación de los locales para servicio de la Basílica y de sus sótanos, en los años inmediatamente posteriores a la inauguración (1868). Debemos considerar este ambiente como un local de servicio, de uso doméstico. Por aquí pasaban las cestas de pan destinadas a los refectorios; se calcula que la producción diaria era de unos 3.000 panecillos.

La visita continúa con el refectorio de los muchachos debajo de la Iglesia de San Francisco de Sales: este espacio se destinó a refectorio en el otoño de 1858 y, hasta 1866 sirvió también como teatro.

Actualmente el espacio está subdividido en cuatro secciones temáticas: iconografía mariana, donaciones, devoción popular y liturgia.

En la iconografía mariana encontramos valiosos cuadros, como la pintura de María Niña de Paolo Emilio Morgan (1815-1882), un Descendimiento atribuido a Guido Reni (1575-1642), una Virgen extática de Giandomenico Tiepolo (hijo de Giambattista), iconos rusos y griegos, como las dos iconos de viaje del s. XVIII, frescos de s. XIII y esculturas. Nella sezione Donazioni meritano particolare attenzione la Tabacchiera di Pio VII (1814) e la legatura di Evangelario longobardo (VIII sec.). En la sección Donaciones, merecen particular atención la Petaca de Pío VII (1814) y la encuadernación del Evangeliario Longobardo (s. VIII). Por otra parte estandartes procesionales, tarjetas, manifiestos, medallas conmemorativas, exvotos, nos muestran la Devoción popular. También se recogen en esta sala los testimonios más preciosos conservados en la sacristía del Santuario en estos 150 primeros años. Mencionamos la Custodia que regalaron a Don Bosco el día de su onomástico en 1875 y un misal (1893) realizado con el papel de la Papelera di Mathi (fundada por Don Bosco) e impreso en la Tipografía Salesiana de Valdocco. El ejemplar expuesto fue después, en 1906, encuadernado en cuero repujado con adornos de estilo art nouveau.