La segunda planta del Museo Casa Don Bosco se caracteriza por el corazón de Don Bosco que está latiendo de todo el complejo Pinardi, o sea, las Habitaciones de Don Bosco. Comienza la visita en la Sala de espera, en un primer momento habitación de Don Bosco (1853-1861); esta habitación sirvió como dormitorio, recibidor y despacho (Cfr. MBe, IV, 502-503). Aquí escribió Don Bosco muchas de sus primeras obras populares. Puede verse un trozo auténtico del suelo de la época. Con la ampliación de 1861 y el traslado del mobiliario al espacio contiguo, esta habitación fue destinada a sala de espera para los visitantes. Esta habitación fue testigo de acontecimientos fundamentales: en 1854 Domingo Savio se encuentra con Don Bosco y lee las palabras Da mihi animas caetera tolle y el 18 de diciembre de 1859 Don Bosco funda la Congregación salesiana: Podemos ver aquí expuesto el acta original de fundación.

Continuamos con la Habitación de Don Bosco (1861-1887): El Santo pasó aquí muchas noches trabajando y estudiando. El equipamiento filológico describe su quehacer ordinario por medio del lecho, el sofá, las sillas y la escribanía, donde Don Bosco redactó las Constituciones de los Salesianos y de las Hijas de María Auxiliadora.

A la muerte del Santo esta habitación fue durante 22 años el despacho y el dormitorio de Don Rua. La organización del museo actual presenta la sala en su aspecto original: en base a la documentación histórica, se han resituado los objetos y la disposición de los muebles de acuerdo con los años pasados aquí por Don Bosco (1861-1887).

Continuando llegamos a la sala que sirvió de Capilla desde 1886 con una altar (trasladado ahora a la nueva Capilla) que sustituyó definitivamente al armario-altar. La capilla fue bendecida por el card. Alimonda, arzobispo de Turín, el 24 de enero de 1886, fiesta de San Francisco de Sales.

A la así llamada Habitación de la muerte del Santo, fue trasladado durante su última enfermedad (final de 1877-31 de enero de 1888). La habitación fue equipada con muebles regalados por los bienhechores. En el sitio donde se encontraba el lecho de muerte se ha colocado una vitrina con las prendas originales de Don Bosco: la sotana, el abrigo con la esclavina, los sombreros y el bonete.

En 1876 a todo lo ancho de la casa se construyó una galería, un largo balcón cubierto con amplios ventanales que daban directamente al patio.

En la galería tenían su puesto los reclinatorios utilizados para el sacramento de la confesión de los muchachos, cuando a Don Bosco, ya anciano, le costaba bajar a la Basílica.

En el ángulo formado por el ala de las Habitaciones y el edificio de 1853 había un dormitorio para los muchachos. Según la tradición, durmió también aquí Santo Domingo Savio. En este lugar podemos ver objetos, videos históricos y recuerdos referentes a la Beatificación y Canonización de San Juan Bosco: se exponen la notable urna de madera realizada según el boceto del arquitecto salesiano G. Valotti y utilizada en la Beatificación, además de los ornamentos confeccionados por cuarenta Hijas de María Auxiliadora y el mantel bordado en seda jaspeada en marfil. Este último estaba destinado al altar provisional del Santo; este altar era el de San Pedro en la Basílica, donde ahora está la urna de Don Bosco. En este ambiente también hay un lugar para el aguamanil del milagro, regalo de la familia Clément, relacionado con un caso de bilocación de Don Bosco acaecida el 14 de octubre de 1878 en Drôme, a Saint-Rambert d’Albon.

Siguiendo la visita nos encontramos con una sala dedicada a la obra misionera salesiana con la exposición del pequeño mapamundi de Don Bosco y la sotana de mons. Luis Versiglia. Una evocativa presentación sugiere además el lugar de la muerte de mamá Margarita.